Adapun mengenai terjadinya Desa Kalirejo adalah dahulu kala sekitar pada tahun 1915 dudun- dusun itu berdiri sendiri antara lain Desa Pojok dengan Kepala Desa Bp. Sodipuro, kemudian Desa Kalirejo berdiri sendiri dengan Kapala Desa Sosrodihardjo dan Desa Berukudon juga berdiri sendiri dengan Kepala Desa Mangundipuro  akan tetapi pada tahun 1925 ketiga desa itu digabungkan/dibelngket  menjadi satu desa dengan nama Desa Kalirejo yang terdiri 3 dusun yaitu Dusun Pojok, Dusun Beru Kalirejo dan Dusun Berukudon Dengan Kepala Desa Bp Mangundipuro dan  Cariknya Bp. Karto Utomo. Dan ada kesepakatan bersema bahwa bila Lurah di Berukudon maka Carik harus di Kalirejo dan sebaliknya.
    Kemudian setelah kemerdekaan RI ada perebutan tampuk pimpinan di Desa Kalirejo yang akhirnya dimenangkan oleh Bp. Suroso yang bertempat tinggal di Berukudon dengan carik masih sama yaitu Bp. Karto Utomo
    Bapak Suroso selama menjabat jadi Petinggi  /Lurah sangat baik juga dalam menjalankan pemerintahannya, akan tetapi beliau merasa karena banyak tugas disamping sebaigai lurah juga sebagai mantri kesehatan, maka Beliau harus memilih dan akhirnya Beliau memilih sebagai mantri kesehatan dan mengundurkan diri dari jabatan lurah pada tahun 1952 dan jabatan lurah sementara dipegang oleh carik sebelum ada pemilihan lurah kembali. Kemudian pada tahun 1952 dilaksanakan pemilihan kepala Desa Kalirejo, dengan calon kandidat  orang antara lain Bp. Danoeredjo Sjamsu, Bp. Marto dipuro Sirin, Bp. Kasri yang kemudian dimenangkan oleh Bp. Danoeredjo.
    Beliau memerintah sejak tahun 1952 sampai  dengan tahun 1986, yang kemudian  Beliau Pensiun dan diadakan  pemilihan kepala Desa pada tahun 1986 akhir dengan para calon alm. Bp. Soedjiman, Bp. Yadji Danoeatmodjo, Bp. Joesman, Mardi Hadiwasito, Bp. Soeparmin dan terpilihlah Kepala Desa yang baru Putra dari Bapak Danoeredjo yaitu Bapak Yadji Daoeatmodjo, beliau memerintah selama 1 periode delapan tahun. Selama pemerintahan Beliau tdak ada gejolak warga yang begitu berarti dan rakyat bekerja sesuai dengan apa adanya di Desa dan waktu itu karena masanya juga Orde Baru jadi tidak ada warga yang berani membangkang apa yang menjadi peraturan di desa. Pada masa Pemerintahan Bp. Yadji Danoeatmodjo ada peristiwa penting dan tidak bisa dilupakan yaitu pengembangan wilayah Berukudon  dari 1 dusun menjadi 2 dusun yaitu Dusun Beru dan Dusun Kudon yang masing-masing kepala Dusunnya sekarang ini adalah Bp. Soejono dan Bp Eko Edhi Purwanto.
    Kemudian Bp. Yadji Danoeatmodjo pemerintahannya berakhir pada tahun 1994 dan pada tahun berikutnya yaitu tahun 1994 dilaksanakanlah Pemilihan Kepala Desa kambali dengan calon peserta al : Bp. Imam Sofyan , Bp. Yadji Danoeatmodjo, Bp. Soeparmin, Bp. Mardi Hadiwasito kemudian terpilihlah Bp. Imam Sofyan sebagai Kepala Desa periode 8 tahun kedepan. Pada masa pemerintahan Bp. Imam Sofyan ada hal yang menarik yaitu pensiunnya Sekretaris Desa Kalirejo Bp. Soedjiman dan dilaksanakan ujian pengadaan sekretaris Desa baru tepatnya pada akhir tahun 1995. Dan terpilihlah Bp. Riali Santoso sebagai Sekdes Desa Kalirejo yang kebetulan juga putra angkat dari Beliau Bp. Soedjiman.
    Pemerintahan Bp. Imam Sofyan berakhir pada tahun 2002 kemudain pada tahun 2002 diadakan Pemilihan Kepala Desa kembali dengan kandidat 3 orang calon al ; Bp. Imam Sofyan, Bp. Tri Adi Prihanto, Bp. Rusmoyo, yang akhirnya terpilihlah Bp. Tri Adi Prihanto sebagai Kepala Desa Kalirejo sampai tahun 2012.  Dan kebetulan Beliau ini juga cucu dari Bp. Danoeredjo Lurah yang pertama terjadinya pemilihan Kepala Desa.
    Pada masa Pemerintahan Bp. Tri Adi Prihanto sebetulnya masa Jabatannya 5 tahun tidak seperti pendahulunya 8 tahun, akan tetapi Beliau pada tahun 2006 mendapat SK perpanjangan Kepala Desa mwnjadi 10 tahun, dengan adanya Peratuaran yang baru, akan tetapi setelah itu tidak diperbolehkan mencalonkan diri sebagai kepala Desa kembali, Dan masa akhir tugas Beliau adalah besuk pada tahun 2012. Kemudian pda tahun 2012 ada pemilihan kepala Desa Kalirejo kembali untuk masa jabatan 2012 s.d. 2018, dan ada 3 kandidat yang mendalonkan diri yaitu Sdr. H. Mardi, Sdr. Ir. Sulatin dan Sdri. Warsi (istri dari Bp. Tri Adi Prihanto) dan terpilihlah Sdr. H. Mardi untuk memimpin Desa Kalirejo selama 6 tahun kedepanyaitu 2012-2018. tetapi pada tahun 2014 ini ada peraturan baru lagi bahwa mantan Kades boleh mencalonkan kembali sampai 3x masa jabatan, sehingga kedepan bila berkehendak mantan kades yang sudah 2 periode dapat mencalonkan kembali